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NAMD培训与咨询
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1. 分子动力学模m概论 1.1 分子动力学模拟的发展 1.2 分子动力学模拟腱本原理 1.3 分子动力学模}財睬软件 2. 分子动力学入门 2.1 基本设置 2-2 生成蛋白质结构文件(PSF) 2- 3 蛋白质的容质化 2- 4 球状水体中泛素(Ubiquitin)的分子动力学模拟 2- 5 立方水体中泛素(Ubiquitin)的分子动力学模拟 2- 6 简单的结果分析 3. 分析方法 3.1 平衡态分子动力学模拟分析 3.1.1每个残基的RAED值 3.1.2 麦賊f韦-波尔兹曼(Maxwell-Boltzmann )有鲤分布 3-1.3能里分析 3-1.4温度分布 3-1.5比透分析 3- 2 非平隘分子动力学模拟分析 3.2.1热臓 3-2.2温度回音 4 人工操纵的分子动力学模扱(SMD) 4. 1 除去水分子 4.2 恒速拉伸 4. 3 恒力拉伸 4.4 结果分析
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